Спустя годы после легендарного путешествия к Искафу, Земля наконец обрела мир, а технологические дары Ямато стали основой для новой эры процветания. Однако это спокойствие оказывается обманчивым. Из глубин галактики приходит новая, непостижимая угроза — автономный флот «Дикий гусь», чьи корабли, лишенные экипажей, методично уничтожают миры под знаменем таинственной «Миссии». Когда под удар попадает колония на Марсе, а все conventional средства обороны терпят крах, человечество вновь обращает взоры к своему последнему символу надежды. Легендарный линкор, давно превращенный в музейный экспонат, должен снова выйти в море звезд. Но на его борту царит раскол: новая, молодая команда, воспитанная в мире, и ветераны прошлых битв, такие как Сусуму Кодай, чьи души до сих пор отягощены грузом утрат и сомнений, смотрят в будущее с разной мерой веры и отчаяния.
Экипаж нового «Ямато» бросает вызов бездушной машинерии врага, обнаруживая, что за «Миссией» скрывается шокирующая истина, связанная с самими истоками корабля и давно похоронными тайнами космоса. Каждая битва дается тяжелой ценой, проверяя на прочность не только броню, но и дух тех, кто сражается. Кодай, разрывающийся между долгом командира и личными демонами, должен объединить разобщенную команду, пока не стало слишком поздно. Их путь ведет к сердцу чужой цивилизации, где решается судьба не только Земли, но и всего разума в галактике. Это путешествие станет не просто борьбой за выживание, а мятежом против холодного фатума, последней попыткой отстоять хрупкую человечность перед лицом безжалостной логики вселенского порядка.