Третий сезон «Седьмого киллера» начинается с того, что главный герой, наконец, добирается до легендарного «Города теней» — нейтральной территории, где осели самые опасные отступники со всего мира. Он ищет не просто передышку, а ответы на вопросы о своей утраченной памяти и о том, кто на самом деле отдал приказ уничтожить его клан. Однако вместо покоя он находит лишь новую войну. Городом управляет тайный совет из трех старейшин, каждый из которых контролирует свой сектор: подпольную арену смертельных боев, черный рынок кибер-имплантов и информационную сеть шпионов. Герой быстро понимает, что его прошлое напрямую связано с одним из этих старейшин, но тот не спешит раскрывать карты, подставляя героя под удар местных банд. В попытке выжить и докопаться до истины, киллеру приходится вступить в кровавую гонку, где каждый новый союзник оказывается врагом, а каждый враг хранит часть пазла.
Параллельно в сюжет врывается новая угроза — загадочная организация «Белые маски», которая охотится на всех, кто обладает уникальными рефлексами, подобными тем, что есть у главного героя. Выясняется, что его способности — не врожденный дар, а результат жестокого эксперимента, и он не единственный выживший. В третьем сезоне киллер встречает девушку-убийцу с зеркальными навыками, которая утверждает, что они «брат и сестра по крови» из одной пробирки. Их дуэт вынужден работать вместе, чтобы противостоять «Белым маскам», но доверие между ними постоянно висит на волоске. Кульминацией становится шокирующее открытие: старейшина, контролирующий информационную сеть, на самом деле является создателем всей программы по выведению идеальных убийц. Он не просто хранит тайну прошлого героя — он манипулировал им с самого начала, подстраивая каждую встречу и каждую смерть. Финал сезона обрывается на жестокой битве в небоскребе, где герой стоит перед выбором: уничтожить лабораторию и навсегда забыть свое прошлое или спасти «сестру», рискуя стать пешкой в чужой игре навсегда.