Семнадцатилетний Рен Такахаси с детства мечтал о космосе, но его жизнь на Земле — это бесконечная борьба с гравитацией долгов и одиночества. Работая курьером в перенаселённом Токио, он случайно находит в заказе странный металлический цилиндр с гравировкой в виде семиконечной звезды. В ту же ночь на его дом совершают налёт вооружённые люди в чёрном, а сам Рен получает таинственное сообщение от исчезнувшего отца-астрофизика: «Не дай им открыть седьмой портал». Пытаясь сбежать, Рен активирует артефакт и проваливается в пространственный разлом, оказываясь на борту полуразрушенного исследовательского корабля «Астерион», застрявшего в аномальной зоне между измерениями. Здесь он встречает экипаж изгоев: киборга-механика с удалёнными воспоминаниями, телепатку-подростка, которая не контролирует свой дар, и капитана — андроида последней модели, запрограммированного на поиск «Колыбели Творца». Выясняется, что цилиндр — это ключ к древней сети порталов, оставленной цивилизацией, научившейся переписывать реальность. Семь звёзд на артефакте соответствуют семи мирам, и каждый из них хранит часть кода к абсолютной власти. Но за Реном и его новыми союзниками охотится Корпорация «Горизонт» — транснациональная структура, уже захватившая контроль над тремя порталами и использующая их энергию для подавления воли населения Земли. Проблема в том, что каждый прыжок через портал стирает часть личности путешественника, превращая людей в пустые оболочки. Рену предстоит не просто найти отца, но и понять, почему тот зашифровал послание именно в доставке пиццы, и как его собственное тело стало невосприимчивым к эффекту стирания памяти.
Параллельно развивается линия принцессы Лейлы из королевства Эфир, одного из миров, уже поглощённых Корпорацией. Она считалась погибшей при падении своего дворца, но на самом деле была спасена повстанцами и теперь возглавляет подпольное движение сопротивления. Лейла уверена, что «Колыбель Творца» — это не оружие, а тюрьма для сущности, пожирающей миры, и что открытие седьмого портала приведёт к коллапсу всей мультивселенной. Когда пути Рена и Лейлы пересекаются на нейтральной станции «Перекрёсток», между ними вспыхивает конфликт: он хочет спасти отца любой ценой, она — уничтожить артефакт. Но Корпорация устраивает засаду, и в хаосе боя Рен случайно активирует четвёртый портал, перенося всю группу в мир, где время течёт задом наперёд. Здесь они находят лабораторию отца Рена, который жертвует собой, чтобы передать сыну последнюю часть кода — оказывается, седьмой портал открывается не вовне, а внутрь самого носителя ключа. Рен должен принять в себя энергию всех миров, став живым мостом между реальностями, иначе Корпорация использует его тело как бомбу для перезагрузки вселенной. В финальной битве на орбите мёртвой звезды, когда экипаж «Астериона» жертвует кораблём, чтобы дать Рену шанс, он делает выбор: не уничтожать порталы, а перепрограммировать их, превратив в сеть для восстановления разрушенных миров. Ценой собственной памяти он стирает границы между измерениями, давая каждому существу шанс на новую жизнь, но сам навсегда остаётся в пустоте между звёзд, наблюдая за возрождением вселенной через призму семи сияющих огней.