Синдзи Икари, сломленный и опустошенный после событий предыдущего фильма, оказывается в постапокалиптическом мире, который пережил Третью катастрофу. Он вместе с Аской и Мари попадает в деревню, где выжившие люди пытаются построить новую жизнь без Евангелионов. Здесь, вдали от NERV и бесконечных сражений, Синдзи впервые сталкивается с обыденностью: он помогает по хозяйству, видит, как люди рожают детей, стареют и умирают естественной смертью. Это резко контрастирует с его прежним существованием, где всё было подчинено битвам и чужой воле. Однако идиллия рушится, когда становится известно, что Gendo Икари, отец Синдзи, запускает финальную стадию своего плана — Проект совершенствования человечества. Он намерен стереть все границы между людьми, превратив их в бессмертную, однородную субстанцию, лишенную боли и одиночества. Синдзи, наконец обретя волю к жизни, решает противостоять отцу не из чувства долга, а ради собственного права на боль и счастье.
Финальная битва разворачивается в космическом пространстве, где сталкиваются не только Евангелионы, но и мировоззрения отца и сына. Gendo, сам травмированный потерей жены, объясняет, что его план — это акт любви, попытка избавить всех от страданий. Синдзи отвергает эту логику, понимая, что без боли невозможно познать радость. В кульминационной сцене он прощает отца, принимает свои травмы и решает построить мир, где люди могут быть уязвимыми, но свободными. Финал переворачивает всю историю: Евангелионы исчезают, а персонажи получают шанс на новую жизнь в реальном мире без гигантских роботов и апокалипсиса. Синдзи, Аска, Рей и Каору встречаются на железнодорожной станции уже как обычные люди, способные жить без груза прошлого. Это не просто конец войны, а освобождение от метафоры «Евангелиона» как клетки, в которую персонажи были заперты создателем.
