2045 год. Мир утонул в цифровом потоке, но не стал свободнее. После катастрофического финансового события, известного как «Синдром одиночки», человечество раскололось: одни погрузились в бесконечную виртуальную гонку, другие, как Девятый отдел, пытаются удержать реальность на плаву. Мотоко Кусанаги и её команда, включая Бато и Тамару, больше не работают на правительство. Они стали наёмниками, выполняющими заказы в мире, где граница между войной и бизнесом стерта окончательно. Но их новая жизнь — лишь прелюдия к кошмару. Внезапно по всей планете начинают происходить странные события: люди, обладающие кибермозгами, сходят с ума, теряя связь с реальностью, а затем исчезают, превращаясь в «призраков» — пустые оболочки, управляемые чужой волей. Девятый отдел выясняет, что за этим стоит таинственная группа хакеров, называющих себя «Постчеловеки». Эти существа, обладающие сверхспособностями, вышли за пределы человеческого восприятия и теперь ведут свою собственную «стабильную войну» — конфликт, который не заметен для обычных людей, но перекраивает саму структуру общества.
Кусанаги и её команда оказываются втянуты в гонку со временем. Постчеловеки не просто взламывают сознание — они переписывают реальность, заставляя людей видеть то, чего нет, и верить в ложь. Мотоко, сама являющаяся почти полностью киборгизированным существом, сталкивается с экзистенциальным кризисом: если её «призрак» — это всего лишь набор данных, то чем она отличается от тех, кого преследует? Параллельно Бато пытается спасти свою бывшую возлюбленную, чей разум был похищен, а Тамара ищет способ остановить цифровую эпидемию, не уничтожив при этом миллионы невинных. В этом мире, где война стала стабильным фоном, а одиночество — единственной константой, Девятому отделу предстоит понять, что настоящий враг — не хакеры и не технологии, а сама природа человеческого сознания, которое так легко сломать, но так трудно защитить.