Второй сезон застает Гауко уже не просто девочкой-динозавром, а настоящей звездой токийского зоопарка. Она привыкла к вниманию посетителей, научилась ловко уворачиваться от селфи-палок и даже завела дружбу с местными воронами, которые таскают ей сладости. Но идиллия рушится, когда в зоопарк привозят загадочный контейнер с маркировкой «Бермудский треугольник». Внутри оказывается не просто новый экспонат, а древний метеорит, излучающий странную энергию. Под его воздействием Гауко начинает меняться: её чешуя мерцает, а в моменты гнева она неожиданно увеличивается в размерах, круша вольеры. Параллельно в городе появляются другие «пробудившиеся» — обычные животные, которые под влиянием метеорита обретают разум и способности, сопоставимые с Гауко. Среди них — говорящий крокодил-философ, мечтающий о мировом господстве, и стая голубей-телепатов, устраивающих хаос на перекрестках.
Гауко оказывается перед сложным выбором: остаться милым аттракционом для людей или принять свою истинную природу хранительницы равновесия. Её лучшая подруга Юки, теперь стажёр-ветеринар, пытается помочь Гауко контролировать новые силы, но ситуация выходит из-под контроля, когда метеорит похищает тайная организация, желающая использовать его для создания армии супер-солдат. В финале сезона Гауко, объединившись с бывшими врагами — разумными животными, — штурмует подземную лабораторию. Там она сталкивается с главным антагонистом: учёным, который когда-то создал её мать и теперь хочет «усовершенствовать» Гауко, стерев ей память. В кульминационной битве девочка-динозавр жертвует своей стабильной формой, чтобы расколоть метеорит, и превращается в гигантского огненного тираннозавра, спасая Токио, но навсегда теряя возможность быть просто домашним питомцем. Сезон заканчивается на клиффхэнгере: Гауко, уменьшившись до размеров ящерицы, убегает в лес, а за ней по следу идут военные и её верная Юки.
