Второй сезон «7 семян» начинается с того, что выжившие из летних и весенних команд, наконец, осознают масштаб катастрофы. Они не просто оказались на необитаемом острове — весь мир изменился до неузнаваемости. Климат стал агрессивным, привычные времена года сместились, а флора и фауна мутировали, превратившись в смертоносные ловушки. Группа Нацу, разбитая после потерь и предательств, вынуждена покинуть относительно безопасное убежище. Ими движет не только жажда выживания, но и смутная надежда найти других людей. Параллельно раскрывается судьба осенней команды — группы профессиональных военных и ученых, которые были заморожены с четким планом восстановления цивилизации. Их пробуждение проходит по регламенту, но реальность оказывается куда жестче инструкций. Лидер осенних, Арамаки, пытается навязать всем свою волю, считая, что только жесткая дисциплина и иерархия спасут человечество. Однако его методы наталкиваются на сопротивление, особенно когда выясняется, что «Проект 7 семян» был не единственным экспериментом.
Судьбы команд пересекаются в руинах старого Токио, который теперь напоминает гигантские джунгли. Здесь герои сталкиваются с новым ужасом — гигантскими насекомыми и растениями-хищниками, но главная угроза исходит от других выживших. Зимняя команда, пробудившаяся раньше всех, превратилась в дикое племя, потерявшее человеческий облик. Их лидер, некогда гениальный ученый, теперь считает, что единственный путь к спасению — это полный отказ от технологий и возврат к первобытному существованию. Нацу и ее друзьям приходится выбирать: присоединиться к жестокому порядку осенних, скатиться в хаос зимних или попытаться построить что-то третье. В финале сезона становится ясно, что настоящий враг — не мутировавшая природа, а неспособность людей договориться. Секретная лаборатория, найденная под руинами, хранит шокирующую правду о том, что «7 семян» были лишь частью глобального эксперимента, и где-то в мире есть другие выжившие, которые уже начали войну за ресурсы. Последние кадры показывают, как из глубин океана поднимается нечто, что ставит под вопрос само будущее планеты.
