В мире, где магия — это не дар, а проклятие, заключенное в контракт, существует одна истина: девочки-волшебницы не становятся героинями. Они становятся жертвами. Гайдэн разворачивается в параллельной временной линии, где Канаме Мадока не заключила контракт с Кьюбэем. Вместо неё это сделала её лучшая подруга, Саяка Мики, движимая отчаянным желанием спасти своего возлюбленного. Но цена оказалась выше, чем она могла представить. Саяка быстро понимает, что её магия не приносит счастья, а лишь отдаляет её от человечности. Её душа, заключённая в драгоценный камень, начинает тускнеть с каждым сражением с ведьмами, и грань между человеком и чудовищем стирается. В то время как Хомура Акаэм, застрявшая в бесконечном цикле спасения Мадоки, наблюдает за этой новой реальностью со стороны, она осознаёт, что даже без контракта Мадоки мир не становится добрее. Саяка, поглощённая отчаянием, постепенно превращается в ведьму, и Хомура вынуждена сделать невозможный выбор: убить подругу, чтобы спасти её от вечных мук, или позволить тьме поглотить всё вокруг.
Второй акт истории переносит нас в прошлое, к истокам системы девочек-волшебниц. Мы видим юную Томоэ Мами, которая только что заключила контракт, не зная о ловушке. Её наставницей становится загадочная девушка по имени Кадзуко, которая уже много лет сражается с ведьмами. Кадзуко скрывает страшную тайну: она — одна из первых девочек-волшебниц, созданных Кьюбэем, и её душа давно превратилась в пустой сосуд. Она учит Мами не только сражаться, но и лгать себе, убеждая, что магия — это благословение. Но когда Мами случайно находит дневник Кадзуко, она узнаёт правду: каждая девочка-волшебница обречена стать ведьмой, а Кьюбэй — не спаситель, а фермер, собирающий урожай страданий. Мами пытается разорвать контракт, но это невозможно. В финале она стоит перед выбором: принять свою судьбу и умереть как человек или продолжить борьбу, зная, что её ждёт. Гайдэн заканчивается сценой, где Мами, сжимая в руке свой драгоценный камень, решает не сдаваться, но её глаза уже начинают терять свет, предвещая неизбежное превращение.
