Второй сезон начинается ровно с того момента, где закончился первый. Хината и её друзеди возвращаются из прошлого, но их победа над призраком клуба оказалась пирровой. Временная линия треснула, и теперь реальность ведёт себя как испорченная плёнка: события повторяются, люди исчезают на секунды, а в небе над городом зависает чёрная воронка, из которой сыплются хроно-осколки. Хината чувствует, что её способность «прыжка» мутирует — теперь она не просто перемещается, а видит все возможные варианты будущего одновременно. Это сводит с ума, ведь каждый её шаг может уничтожить целую ветку реальности. К тому же в их мире появляется загадочная девушка по имени Рэй, которая утверждает, что она — «сбой системы», искусственно созданный хранитель времени, и что Хината должна исчезнуть, чтобы восстановить баланс. Но Рэй сама не знает, кто её создал и зачем.
Параллельно выясняется, что призрак клуба не был уничтожен — он лишь рассыпался на фрагменты, которые вселились в обычных людей. Теперь каждый прохожий может в любой момент превратиться в одержимого, искажающего время вокруг себя. Хината и её друзья вынуждены охотиться на этих носителей, но с каждым «исцелением» Хината теряет часть своих воспоминаний. Она начинает забывать лица близких, а её тело стареет на глазах, когда она использует силу. Рэй предлагает сделку: она отдаст Хинате свою стабильность в обмен на возможность «перезагрузить» всю историю, стерев сам факт существования временных аномалий. Но это значит, что никто из героев никогда не встретится, а их дружба и приключения исчезнут навсегда. Финальная битва разворачивается не в прошлом или будущем, а в «нулевой секунде» — точке, где время ещё не началось. Там Хинате предстоит выбрать: пожертвовать собой, чтобы залатать дыру в реальности, или принять хаос и научиться жить в мире, где прошлое, настоящее и будущее переплелись в один бесконечный миг.
