Третий сезон «Великого из бродячих псов» начинается с того, что Ацуши Накаджима и его коллеги по Вооруженному детективному агентству оказываются втянуты в водоворот событий, корни которых уходят в прошлое самого Осаму Дадзая. В портовом городе Йокогама объявляется таинственная организация «Крысиный король», чей лидер, Фёдор Достоевский, плетет изощренную интригу, чтобы стравить Агентство с Портовой мафией. Внезапное нападение на мафиозный склад, подстроенное так, чтобы подозрение пало на детективов, приводит к тому, что Чуя Накахара, разъяренный и жаждущий мести, объявляет войну. Ситуация накаляется до предела, когда в дело вмешивается Мори Огай, босс мафии, и требует от президента Агентства Фукудзавы либо выдать Дадзая, либо быть уничтоженными. Однако настоящая цель Достоевского куда сложнее — он хочет не просто уничтожить Агентство, а заставить Дадзая раскрыть тайну его собственного прошлого, связанного с таинственной организацией «Тень».
Параллельно с этим разворачивается флешбэк, который переносит зрителей на четыре года назад, когда Дадзай еще был членом Портовой мафии. Вместе с молодым Чуей он получает задание устранить опасного торговца оружием, но в ходе миссии они сталкиваются с загадочным человеком по имени Ода Сакуноске. Этот писатель-неудачник, обладающий способностью предвидеть будущее на несколько секунд, становится ключом к пониманию того, почему Дадзай в итоге покинул мафию и примкнул к Агентству. В настоящем времени Дадзай, понимая, что Достоевский использует его прошлое как оружие, вынужден действовать на опережение. Он заключает временное перемирие с Чуей, и вместе они пытаются выследить «Крысиного короля». Но Достоевский всегда на шаг впереди: он похищает Кёку Идзуми, девушку-кицунэ из мафии, и шантажирует её дядю, чтобы тот убил президента Агентства. Финальная битва разворачивается на заброшенном корабле, где Дадзай, используя свою «Недопустимость самоубийства», вступает в психологическую дуэль с Достоевским, пытаясь переиграть его в шахматной партии, где на кону — жизни всех его друзей.
