Второй сезон «Энциклопедии жалких созданий» начинается там, где закончился первый: Фумино Мимура, всё ещё не оправившаяся от шока после встречи с отцом, пытается вести обычную жизнь старшеклассницы. Однако её «обычность» рушится в тот же миг, когда она находит в своей парте странный конверт. Внутри — фотография её собственной спины, испещрённой чёрными письменами, которых она никогда не видела. Вскоре выясняется, что это не просто метки, а фрагменты заклинания, способного призвать «Скорбного жнеца» — сущность, питающуюся отчаянием. Теперь за Мимурой охотятся не только одержимые духи, но и тайное общество «Библиотекари», которые хотят использовать её тело как сосуд для древнего ритуала. Параллельно в городе начинают пропадать люди, чьи жизненные истории были описаны в первой «Энциклопедии» — их души оказываются заперты в пустых книгах, которые Мимура находит на пороге своего дома.
В новом сезоне Мимура понимает, что её дар видеть «жалких созданий» — не проклятие, а ключ к более мрачной тайне. Каждая новая глава энциклопедии, которую она пишет, оживает, превращаясь в ловушку для тех, кто пытается её убить. Вместе с верным другом Кэнтой и загадочным парнем по имени Рё, который утверждает, что он — «персонаж из будущей главы», Мимура пытается расшифровать язык проклятых символов. Но главный сюрприз ждёт её в финале: оказывается, что все «жалкие создания», которых она встречала, были не случайными жертвами, а частями одного существа — её собственной матери, заточённой в параллельном измерении. Чтобы спасти мать, Мимуре придётся не просто написать последнюю главу, а стереть себя из реальности, превратившись в новую, самую жалкую историю.
