Тихий пригород Токио, вечер. Обычный парень по имени Кэнтаро возвращается с подработки, когда его телефон внезапно взрывается потоком алых уведомлений. На экране — приложение, которого он никогда не устанавливал, с единственной кнопкой: «Призрак». Стоит ему нажать её, как мир вокруг застывает, а из его собственной тени вырывается полупрозрачная фигура с горящими глазами. Это не галлюцинация. Это «Проект Призрак» — секретная программа, превращающая обычных людей в живых носителей боевых фантомов, привязанных к их эмоциям и травмам. Кэнтаро узнаёт, что он не один: по всему городу такие же «хозяева» вступают в схватки, используя своих призраков для грабежей, сведения счётов или защиты. Но есть и те, кто охотится на них — элитный отряд «Перекрёстный огонь», вооружённый технологией подавления фантомов. Кэнтаро оказывается меж двух огней: его призрак, названный Хару, ведёт себя странно, будто обладает собственной волей и памятью, а загадочная девушка из отряда «Перекрёстный огонь» почему-то называет его братом, которого она потеряла пять лет назад.
Пока Кэнтаро пытается разобраться, кто он на самом деле — жертва эксперимента или ключ к остановке проекта, — в городе начинается охота. Лидеры враждующих группировок собирают армии призраков, готовясь к решающей битве на перекрёстке четырёх районов, где, по слухам, можно усилить фантома до уровня бога. Хару всё чаще выходит из-под контроля, уничтожая врагов с жестокостью, пугающей самого Кэнтаро. В одном из боёв он случайно видит воспоминания призрака: лицо той самой девушки из отряда, лабораторию, взрыв и свой собственный крик. Оказывается, «Проект Призрак» не создаёт фантомов — он воскрешает мёртвых, вживляя их сознание в живых людей. Кэнтаро — не носитель, он — контейнер для души погибшего оперативника, который должен был быть уничтожен. Теперь, когда правда вскрылась, обе стороны хотят заполучить его: одни — чтобы стереть улики, другие — чтобы использовать Хару как оружие массового поражения. Финальная схватка на перекрёстке превращается не в войну группировок, а в личный выбор: остаться человеком, контролирующим чужую душу, или отпустить призрака, позволив ему обрести покой ценой собственной смерти.
