В тихом приморском городке Аотори, где туман ползёт по улицам даже в полдень, живёт старшеклассник Харуки. Он не помнит своего детства — только смутные образы и запах сырой земли. Однажды, разбирая вещи покойного деда, Харуки находит старую тетрадь в кожаном переплёте. Стоит ему открыть её, как мир вокруг меняется: в тенях начинают шевелиться силуэты, а в зеркалах отражаются не те лица. Тетрадь оказывается «Дневником мистических существ» — артефактом, который позволяет видеть ёкаев, духов и демонов, скрытых от обычных людей. Харуки узнаёт, что его дед был хранителем границы между мирами, и теперь эта обязанность ложится на него. Но дневник не просто показывает — он требует записывать каждое встреченное существо, иначе они начнут проникать в реальность, питаясь страхом и памятью людей.
Пытаясь разобраться в новом даре, Харуки сталкивается с Юки — девушкой, которая утверждает, что она кицунэ, лис-оборотень, и что её клан веками следит за равновесием. Она предупреждает: дневник нельзя заполнять бездумно, каждое записанное имя привязывает существо к миру людей, и если записать слишком много, граница истончится навсегда. Харуки оказывается между двух огней: местные духи требуют, чтобы он вписал их в дневник, иначе они исчезнут навсегда, а Юки настаивает, что некоторые из них слишком опасны. Вдобавок в городе начинают пропадать люди — их забирает существо, которое не оставляет следов, словно его вовсе не существует. Харуки понимает: кто-то уже использует дневник, но не для сохранения, а для стирания. Ему предстоит выяснить, можно ли доверять Юки, почему дед скрывал правду и что за тень бродит по страницам, пытаясь вырваться наружу. Каждая новая запись приближает Харуки к ответу, но и к точке невозврата.
