Пятый сезон «Песни боевых принцесс: Мехасимфония» начинается с тишины. После победы над Империей Гармонии мир погрузился в странное затишье, но оно не приносит покоя. Главная героиня, Аой, чувствует, как её собственная Меха-Душа начинает издавать фальшивые ноты — механизмы откликаются на её эмоции сбоями, а боевые песни, которые раньше лились из её сердца, превращаются в какофонию. Вместе с верным меха-зверем Рюдзином она отправляется в руины Забытой Библиотеки, где, по слухам, хранятся записи Первой Симфонии — древней технологии, способной перенастроить саму суть связи пилота и машины. Но на пути встают не только ловушки прошлого: из тени выходит загадочный дирижёр, управляющий армией «Молчаливых» — мехов, лишённых душ, но обладающих пугающей точностью. Он утверждает, что истинная гармония возможна только через полное подавление эмоций, и его «Тихая Симфония» грозит стереть все голоса, что поют в битве.
Аой предстоит столкнуться с правдой, которую скрывали её собственные создатели: её Меха-Душа была спроектирована как оружие для подавления восстаний, а не для защиты. Воспоминания, запертые в коде её брони, начинают прорываться наружу, заставляя её сомневаться в каждом своём шаге. В то же время её подруга и соперница, Лин, оказывается перед выбором: присоединиться к дирижёру, чтобы спасти умирающую планету от энергетического коллапса, или остаться верной идеалам свободы. Финальная битва разворачивается не на поле боя, а в виртуальном пространстве «Эфирного Театра», где каждая нота становится реальностью. Аой понимает, что её фальшивые ноты — не проклятие, а ключ к созданию новой мелодии, способной объединить разрозненные души. Ей придётся пожертвовать своей связью с Рюдзином, чтобы сыграть финальный аккорд, который либо навсегда изменит мир, либо погрузит его в вечное молчание.