Хэтэуэй Ноа, сын легендарного пилота Гандама из Организации Объединённых Наций, давно разочаровался в лицемерном мире. Внешне Земная Федерация восстановила порядок после войн, но на деле она душит космические колонии коррупцией и репрессиями. Подпольная группировка «Мафти Навие» объявила Федерацию вне закона, и её лидер, загадочный Мафти, организует серию дерзких терактов против высших чиновников. Хэтэуэй, тайно присоединившись к повстанцам, берёт псевдоним Мафти и становится пилотом новейшего прототипа мобильного доспеха — «Пенелопы». Его цель — уничтожить символы прогнившей власти, даже если для этого придётся пожертвовать мирными жителями. Но на пути встаёт Кеннет Слегг, харизматичный офицер Федеральных сил, и его пилот-ас Лэйн Эйм, управляющий экспериментальным Гандамом «Кси». Их противостояние превращается в кровавую дуэль над небоскрёбами Дакара, где каждый бой стирает грань между террором и освобождением.
В этом аду Хэтэуэй встречает Гиги Андалусию — загадочную девушку, которая интуитивно чувствует его истинную сущность. Она не принадлежит ни одной из сторон, но её присутствие заставляет героя сомневаться в правоте своего дела. Чем дальше заходит восстание, тем яснее становится, что методы Мафти ничем не лучше методов Федерации: взрывы в отелях, убийства гражданских, предательство соратников. Хэтэуэй понимает, что превращается в монстра, которого поклялся уничтожить. Финальная схватка с Кеннетом и Лэйном происходит на фоне руин, оставленных его же атаками. В решающий момент, когда Гандам «Кси» разрывает «Пенелопу» на части, Хэтэуэй осознаёт: революция пожирает своих детей. Его арестовывают, и суд Федерации приговаривает «террориста Мафти» к смерти. Но даже стоя на эшафоте, он не раскаивается — только смотрит на небо, где когда-то летал его отец, и шепчет, что новый мир никогда не родится без крови старых ошибок.
