Всё, что осталось от Эдо после вторжения Алтаны — это выжженная земля и горстка выживших. Гинтоки Саката, лишившийся своего меча и почти всей надежды, бродит по руинам, пытаясь отыскать хоть кого-то из своих. Шинсенгуми разбиты, Кабуки-тё больше не существует, а те, кто уцелел, прячутся в подземных убежищах. Но главная угроза исходит не от пришельцев — Тендошу, древний совет, наконец-то сбросил маску и начал полномасштабное уничтожение планеты, используя силу Алтаны как оружие. Гинтоки понимает, что старые методы больше не работают: шутки и меч бессильны против божественной сущности, которая способна переписывать реальность. Ему придётся принять самое тяжёлое решение в своей жизни — отказаться от своей человеческой сути и стать тем, кого он всегда ненавидел, чтобы получить шанс спасти тех, кто ему дорог.
Параллельно Такеши и Кацура ведут отчаянную партизанскую войну, пытаясь выиграть время, а Кагура, потерявшая контроль над своей силой Йато, сражается с собственным безумием вдали от друзей. Каждый из них сталкивается с призраками прошлого: Хиджиката вспоминает Мицубу, Кондо — свой долг перед страной, а сам Гинтоки — своего учителя Шоё, чья тень нависает над финальной битвой. Всё сходится к одной точке — храму Алтаны, где Гинтоки предстоит сделать выбор между спасением мира и сохранением себя. Это не просто финальная схватка с главным злодеем, а прощание с целой эпохой, где каждый удар мечом и каждая шутка становятся последними. Смогут ли они, вечно пачкающие свои белые одежды в грязи, в этот раз остаться чистыми? Или ради спасения Эдо придётся запятнать себя навсегда?