В глухой чаще леса Окойя, где древние деревья переплетаются корнями, а воздух наполнен голосами диких покемонов, живет мальчик по имени Коко. Он не знает другого мира, кроме этого зеленого храма, и другой семьи, кроме могучего Заруда, который воспитал его как собственного детеныша. Коко бегает быстрее ветра, понимает язык зверей и чувствует пульс леса, как собственное сердцебиение. Его жизнь — это игра света сквозь листву, охота за сладкими ягодами и бесконечное исследование тайн, которые хранит чаща. Но однажды в этот замкнутый мирок врывается шум из внешнего мира — Сэм и Пикачу, путешествующие по региону. Для Коко они — невиданные чужаки, говорящие на странном языке и несущие с собой запах дыма и металла. Встреча с ними становится первым тревожным звонком: оказывается, он не покемон, а человек, и его место не здесь, а среди таких же, как он.
Пока Коко пытается осмыслить свою двойственную природу, над лесом нависает угроза. Безжалостная корпорация, возглавляемая ученым Джеддой, жаждет заполучить силу Заруда и мифические способности, скрытые в глубине Окойя. Они не остановятся ни перед чем, чтобы вырубить священные рощи и похитить покемонов для своих экспериментов. Коко оказывается между двух огней: он должен защитить лес, который стал ему домом, и принять ту часть себя, которую он так долго отрицал. Вместе с Сэмом и Пикачу, а также с верным отцом-Зарудом, ему предстоит дать отпор алчности людей и доказать, что настоящая сила кроется не в происхождении, а в выборе. Это история о том, как найти свой путь, когда ты не принадлежишь ни миру людей, ни миру покемонов, и о том, что семья — это не кровь, а те, кто готов сражаться за тебя до последнего вздоха.