Второй сезон аниме «Мы не можем учиться!» подхватывает историю ровно с того места, где закончился первый. Наруюки Юига, старшеклассник, который получает рекомендацию в престижный университет за свои отличные оценки, продолжает репетиторствовать двух гениальных, но абсолютно беспомощных в гуманитарных и точных науках девушек. Фумино Фурухаси, талантливая поэтесса, проваливающая математику, и Рицу Урабе, олимпиадница по физике, неспособная написать сочинение, по-прежнему борются со своими академическими слабостями. Однако давление со стороны родителей и приближающиеся выпускные экзамены заставляют их работать еще усерднее. Вдобавок к этому, в их жизни появляется третья подопечная — Асуми Куними, гениальная спортсменка, которая хочет поступить в тот же университет, но совершенно не разбирается в теории. Теперь Юиге приходится разрываться между тремя абсолютно разными ученицами, каждая из которых требует индивидуального подхода.
Параллельно с учебой развиваются и личные отношения. Второй сезон заметно смещает акценты с чисто комедийных ситуаций на романтические недоразумения и моменты искренней близости. Юига все чаще оказывается в неловких, но трогательных ситуациях с каждой из девушек, и зритель начинает замечать, что их чувства к репетитору выходят далеко за рамки благодарности за помощь с уроками. Фурухаси пытается разобраться в своих эмоциях через стихи, Урабе — через научные эксперименты, а Куними — через физическую активность. При этом сам Юига, поглощенный идеей обеспечить будущее своей семьи, упорно не замечает очевидного. Сезон наполнен школьными фестивалями, поездками на горячие источники, подготовкой к экзаменам и бесконечными попытками героинь отвлечься от учебы, что приводит к новым волнам хаоса. Финал оставляет зрителя с ощущением, что самый сложный выбор для Юиги еще впереди, а экзамены — лишь малая часть тех испытаний, которые ему предстоит пройти.
