Третий сезон «Психопаспорта» переносит действие в 2120 год, спустя восемь лет после событий второго сезона. Система «Сивилла» продолжает управлять обществом, но её влияние ослабевает из-за роста преступности и появления новых угроз, с которыми старые методы уже не справляются. Главные герои — два инспектора Бюро общественной безопасности: Арata Сибусава и Кей Михаил Игнатов. Арata — бывший профессор криминологии, обладающий феноменальной интуицией и способностью «видеть» преступников, а Кей — хладнокровный оперативник с тёмным прошлым, чей коэффициент преступности остаётся загадкой даже для «Сивиллы». Вместе они расследуют серию загадочных убийств, связанных с таинственной организацией «Фокус», которая использует беженцев и маргиналов для совершения преступлений. В отличие от предыдущих сезонов, акцент смещается с индивидуальных психопатов на системные сбои: выясняется, что «Сивилла» больше не может адекватно оценивать преступные наклонности, а сами убийства оказываются частью сложного заговора, направленного на подрыв доверия к системе.
По мере расследования Арata и Кей сталкиваются с новым типом преступников — «эволюционировавшими» психопатами, которые не поддаются стандартным методам анализа. Среди них выделяется загадочный лидер «Фокуса» по имени Кенго Таканаси, чьи мотивы связаны с желанием освободить людей от диктатуры «Сивиллы». Параллельно раскрывается прошлое Кея: он оказывается бывшим членом элитного отряда, уничтоженного из-за предательства внутри системы. Арта, в свою очередь, использует свои уникальные способности, чтобы проникать в сознание жертв и преступников, что приводит его к шокирующему открытию — «Сивилла» сама создаёт условия для появления новых психопатов, чтобы оправдать своё существование. Финал сезона оставляет множество вопросов: Арта и Кей вынуждены выбирать между верностью системе и борьбой за свободу, а «Сивилла» готовится к масштабной чистке, которая может изменить всё общество. Третий сезон задаёт мрачный тон, подчёркивая, что даже идеальная система не способна справиться с человеческой природой, а истинный психопат может оказаться тем, кто сидит в кресле власти.
