Мир покемонов переживает эпоху перемен. В разных уголках планеты, от древних руин до современных лабораторий, происходят загадочные события, связанные с эволюцией. В регионе Канто тренер по имени Чейз, получивший своего первого покемона от профессора Оука, сталкивается с необъяснимым феноменом: его Пиджот внезапно начинает светиться и превращается в Пиджота, но этот процесс сопровождается странной энергетической вспышкой, которая привлекает внимание Команды R. В то же время в Джото девушка-координатор по имени Ив наблюдает, как её Иви, вместо того чтобы эволюционировать в одну из известных форм, начинает проявлять признаки совершенно нового, неизвестного науке типа. Эти аномалии не случайны — они связаны с пробуждением древнего артефакта, способного искажать саму суть эволюции, заставляя покемонов мутировать или переходить в формы, которые считались вымершими миллионы лет назад.
Пока Чейз и его новые союзники пытаются понять природу артефакта, в регионе Хоэнн объявляется таинственный коллекционер, который собирает редкие эволюционные камни, используя их для создания гибридных покемонов. Его цель — не просто сила, а возможность управлять эволюцией как оружием. В Синно легендарный Диалга и Палкиа начинают вести себя нестабильно, их временные и пространственные искажения случайно переносят тренеров и покемонов в параллельные реальности, где эволюция пошла по другому пути. В одной из таких реальностей Чейз встречает версию себя, который никогда не отпустил своего первого покемона, и тот превратился в чудовищную форму из-за подавленной эволюции. Чтобы остановить катастрофу, героям придётся объединиться с легендарным Селеби, путешествуя во времени, чтобы исправить разрывы в эволюционной цепи. Но каждый прыжок во времени меняет настоящее, и в финале Чейзу предстоит сделать невозможный выбор: сохранить привычный мир, где эволюция предсказуема, или позволить покемонам обрести свободу выбора, даже если это приведёт к хаосу.
